Ce repository est un template pour les workflows Get

Ce workflow et ses différentes configurations permettent :

• d'executer un pipeline a partir d'un fichier samples.csv
• d'utiliser une image singularity ou conda ou path (cf profils)
• d'executer un multiqc
• de tracer les versions des logiciels
• d'envoyer un email à la fin du pipeline --email toto@fai.fr
• de générer automatiquement une image singularity et de la mettre a disposition dans le registry de la forge.

Comment utiliser ce répository ?

Cloner le repo

git clone git@forgemia.inra.fr:get-nextflow-ngl-bi/template-nf.git

Voici la liste des fichiers a récupérer avec leur utilité :

• asset code pour email et config de multiQC

• conf configurations utilisées dans nextflow.config

  • base : conf générale
  • path : si profile utilisé est --multipath ajouter un block par process ayant des dépendances
  • test : chaque pipeline devra avoir un profil de test pour tester les pipelines
  • genomes : devra peut-etre etre centralisé ailleurs pour avoir un seul fichier contenant les genomes utilisés par la pf.

• doc/output.md : ce fichier devra etre copié et modifié avec la description des outputs du pipeline. Ce fichier est ensuite converti en html dans le repertoires de resultats du pipelines.

• .gitlab-ci.yml si vous souhaitez avoir la génération automatique de l'image singularity à partir des fichiers Singularityfile et environment.yml mettez ce fichier à la racine de votre projet. L'image sera ensuite recupérable avec la commande suivante :

singularity pull template-nf.sif oras://registry.forgemia.inra.fr/get-nextflow-ngl-bi/template-nf/template-nf:latest

• les fichiers CHANGELOG.md, LICENCE, README.md a utiliser et modifier

• main.nf : le pipeline

• nextflow.config : la conf générale du pipeline

• pour le reproductibilité : Singularityfile et environment.yml (si besoin en plus: Dockerfile)

Et apres ?

• nomenclature: les channels doivent etre nommée comme suis: ch_FILE1_for_PROCESS_DESTINATION
• mettre en place des données de tests
• lorsque l'on code un process :
  • utiliser les labels (pour la memoire, cpu, temps) définis dans base.config
  • ajouter les logiciels utilisés dans get_software_versions
• documenter le quick start ci-dessous et supprimer le paragraphe 'Ce repository est un template pour les workflows Get'
• completer le doc/output.md et le doc/usage.md
• tagger un pipeline dès que les fonctionnalités attendues sont codées

La documentation suivante est a modifier et a garder. La precedente est a supprimer.

Introduction

The pipeline is built using Nextflow, a workflow tool to run tasks across multiple compute infrastructures in a very portable manner. It comes with docker and singularity containers making installation trivial and results highly reproducible.

Quick Start

i. Install nextflow

ii. Install one of singularity or conda

iii. Clone the pipeline and download the singularity pipeline

git clone git@forgemia.inra.fr:get-nextflow-ngl-bi/template-nf.git
cd template-nf
singularity pull template-nf.sif oras://registry.forgemia.inra.fr/get-nextflow-ngl-bi/template-nf/template-nf:latest

iv. Run the pipeline

nextflow run pathto/template-nf/main.nf -profile test,singularity